אמינות משופרת של העברת נתונים
אפילו במערכות התומכות רק בטקסט (כמו מערכות דואר אלקטרוני ישנות יותר), ניתן להעביר נתונים בינאריים בצורה בטוחה באמצעות קידוד Base64. זה מונע פגיעה בנתונים.
תאימות בין פלטפורמות
מכיוון ש-Base64 משתמש רק בתווי ASCII, אין בעיות קידוד תווים בעת החלפת נתונים בין מערכות שונות.
המרה למחרוזות בטוחות ל-URL
באמצעות קידוד Base64URL (החלפת + ב-- ו-/ ב-_) ניתן ליצור מחרוזות שניתן להשתמש בהן בבטחה ב-URL ובשמות קבצים.
הטמעת נתונים
על ידי הטמעת תמונות וגופנים ישירות בקבצי CSS ו-HTML, ניתן להפחית בקשות לקבצים חיצוניים ולשפר את ביצועי העמוד.